ponts intra & inter caténaires

[Tobicam]

Salut à tous!

J'ai plusieurs questions sur les ponts intra et inter caténaires

En général, si une protéine présente 2 cystéines dans sa chaîne d'acides aminés et 3 sous-unités après traitement par le β-mercaptoéthanol, comment savoir s'il s'agit d'1 pont intra caténaire ou de 2 pont inter caténaire ?

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et à propos du QCM suivant:
Une protéine A est analysée par électrophorèse SDS-Page. Sans traitement par le β-mercaptoéthanol on obtient une seule bande protéique de 80kDa et après traitement par le β-mercaptoéthanol deux bandes de 35kDa et 45kDa. Une mutation ponctuelle a été caractérisée dans un des gènes codant cette protéine. L'analyse de la protéine mutée M par électrophorèse SDS-Page donne deux bandes de 35kDa et 45kDa avec ou sans traitement par le β-mercaptoéthanol.
Réponses vraies:
La protéine A contient un pont disulfure inter caténaire.
La mutation a fait disparaître un résidu cystéine.

Comment savoir que la protéine A contient un pont disulfure inter et non intra caténaire? Ne serait-il pas possible que la protéine A contienne un pont disulfure intra caténaire entre la cystéine reliant les sous-unités de 35kDa et 45kDa, et une éventuelle cystéine à une extrémité de la chaîne d'acides aminés? (On retrouverait bien les deux sous unités de 35kDa et 45kDa après le premier traitement par le β-mercaptoéthanol)

J'aimerais aussi savoir par quelle liaison est "remplacé" le résidu cystéine muté, peut être par une liaison non covalente pouvant être rompue par le SDS? (ce qui expliquerait les deux sous-unités obtenues par analyse de la protéine mutée M par électrophorèse SDS-Page)

MERCIIIIIIIIIII

[LeoKast]

Salut,

En général, si une protéine présente 2 cystéines dans sa chaîne d'acides aminés et 3 sous-unités après traitement par le β-mercaptoéthanol, comment savoir s'il s'agit d'1 pont intra caténaire ou de 2 pont inter caténaire ?

en général une chaîne d'AA = un monomère, 2 cystéines ne peuvent former qu'un pont donc normalement apres traitement du β-mercaptoéthanol on retrouve 2 sous-unité et il s'agissait d'un pont INTRA caténaire (au sein d'une même chaine)
cependant une protéine est généralement formé de plusieurs monomères soit plusieurs chaines d'AA donc en absence de précision on supposera que la protéine est multimérique

Une protéine A est analysée par électrophorèse SDS-Page. Sans traitement par le β-mercaptoéthanol on obtient une seule bande protéique de 80kDa et après traitement par le β-mercaptoéthanol deux bandes de 35kDa et 45kDa. Une mutation ponctuelle a été caractérisée dans un des gènes codant cette protéine. L'analyse de la protéine mutée M par électrophorèse SDS-Page donne deux bandes de 35kDa et 45kDa avec ou sans traitement par le β-mercaptoéthanol.
Réponses vraies:
La protéine A contient un pont disulfure inter caténaire.
La mutation a fait disparaître un résidu cystéine.

Comment savoir que la protéine A contient un pont disulfure inter et non intra caténaire? Ne serait-il pas possible que la protéine A contienne un pont disulfure intra caténaire entre la cystéine reliant les sous-unités de 35kDa et 45kDa, et une éventuelle cystéine à une extrémité de la chaîne d'acides aminés? (On retrouverait bien les deux sous unités de 35kDa et 45kDa après le premier traitement par le β-mercaptoéthanol)

J'aimerais aussi savoir par quelle liaison est "remplacé" le résidu cystéine muté, peut être par une liaison non covalente pouvant être rompue par le SDS? (ce qui expliquerait les deux sous-unités obtenues par analyse de la protéine mutée M par électrophorèse SDS-Page)

Dans le cadre de cet exercice au vu des items proposés (il y a toujours au moins une bonne réponse) on est obligé de cocher vrai pour le pont intercaténaire (ce qui est logique de façon générale voir plus haut). Ne te prends pas la tête avec l'histoire des ponts (tu verras des ponts intracaténaire que lorsqu'il y a un exercice avec une chaine d'AA décrite)

cette mutation est une mutation par délétion le résidu cystéine disparait donc il n'en reste qu'un et donc pas de chaine formée donc il y a toujours 2 sous unité avec ou sans traitement

Dis moi si c'est clair

[Tobicam]

cette mutation est une mutation par délétion le résidu cystéine disparait donc il n'en reste qu'un et donc pas de chaine formée donc il y a toujours 2 sous unité avec ou sans traitement

Etant donné que la protéine A contient un pont disulfure inter caténaire, pour moi elle avait un seul résidu cystéine qui faisait un pont SS avec une cystéine d'une autre protéine quelconque. Donc après mutation, il devrait rester aucun résidu cystéine au sein de la protéine A, ou alors j'ai pas bien compris les définitions des 2 types de ponts..

[LeoKast]

enfait une protéine n'est pas faite que d'une seule chaine d'AA mais de plusieurs en général c'est pourquoi je parle de protéine multimérique la protéine A contient DEUX monomère qui possède chacun un résidu cystéine. il y a formation d'un pont S-S INTERcaténaire entre ces deux résidus

[Tobicam]

merci beaucoup pour tes réponses! et si on a deux résidus cystéine sur un même monomère qui rendent possible la formation d'un pont S-S intra caténaire, après traitement par le bêta-mercaptoéthanol on devrait se retrouver qu'avec un seul monomère (si on considère que la protéine est monomérique par exemple)?

et est-ce que c'est comme ça qu'on pourrait différencier les ponts intra et inter (en considérant une protéine avec 2 résidus cystéine): si on obtient deux monomères après traitement par le bêta-mercaptoéthanol c'est que la protéine contenait un pont inter caténaire, et si au contraire malgré le traitement par le bêta-mercaptoéthanol on obtient qu'un monomère alors on peut dire qu'il était susceptible d'avoir un pont intra caténaire? merci encore

[LeoKast]

pour la première question, si on nous dit que la protéine est monomérique là on rompt bien un pont intra caténaire et on se retrouve bien avec 2 sous unités (monomère coupé en 2)

Pour la distinction des deux ponts je n'ai malheureusement pas d'exemple à te donner puisque si on ne te précise pas si la protéine est monomérique tu ne pourras pas savoir si c'est un pont intra ou intercaténaire car tu retrouveras quand même deux sous unités. tu te prends la tête avec ces notions et je pense que ce sera intéressant de poser directement la question sur le canal question pour avoir une réponse du prof.

Mais saches qu'en général une protéine lambda est multimérique et on parle surtout de pont intercaténaire. Les rares cas où tu verras des ponts intracaténaires seraient quand on te donne une séquence d'AA avec deux résidus cystéines dedans.